r - 对 dist() 的输出进行排序

Question

我有一个矩阵m

m <- matrix ( 
  c( 2, 1, 8, 5,
     7, 6, 3, 4,
     9, 3, 2, 8,
     1, 3, 7, 4),
  nrow  = 4,
  ncol  = 4,
  byrow = TRUE)

rownames(m) <- c('A', 'B', 'C', 'D')

现在，我想根据 m 的行各自的距离进行排序，因此我使用 dist()

dist_m <- dist(m)

dist_m 是打印时的

          A         B         C
B  8.717798
C  9.899495  5.477226
D  2.645751  7.810250 10.246951

因为我想订购它，所以我尝试打印 sort(dist_m)

[1]  2.645751  5.477226  7.810250  8.717798  9.899495 10.246951

这几乎就是我想要的。但如果它还打印出两行的名称(其中数字是距离)，我会更高兴，例如

 2.645751  A  D
 5.477226  B  C
 7.810250  B  D
 8.717798  A  B
 9.899495  A  C
10.246951  C  D

这当然是可能的，但我不知道如何实现这一点。

Answer 1

一种选择是将dist转换为矩阵，将上三角值替换为0、melt、subset 非零值，然后根据“值”列进行排序。

m1 <- as.matrix(dist_m)
m1[upper.tri(m1)] <- 0
library(reshape2)
m2 <- subset(melt(m1), value!=0)
m2[order(m2$value),3:1]
#         value Var2 Var1
#4   2.645751    A    D
#7   5.477226    B    C
#8   7.810250    B    D
#2   8.717798    A    B
#3   9.899495    A    C
#12 10.246951    C    D

或者@David Arenburg在获得“m1”后建议的base R选项

 m2 <- cbind(which(m1!=0, arr.ind=TRUE), value= m1[m1!=0])
 m2[order(m2[,'value']),]