R Shiny 服务器+传单内存泄漏

Question

背景

我必须为项目创建一个基于 map 的原型(prototype)仪表板。我决定使用 R Shiny ，因为它对我的数据有最好的数据管理，而且易于使用。我将 Leaflet 与 Rshiny 结合使用。创建 map 后，它会以一定的时间间隔进行更新，并使用新数据重新创建 map (类似于批量实时)。数据会相当多，但仍然可以在传单应用程序上进行管理。

代码:

library(shinydashboard)
library(leaflet)

ui <- fluidPage(
  dashboardBody(
    box(width = NULL, solidHeader = TRUE,
                 leafletOutput("busmap", height = 900)
    )
  )
)

server <- function(input, output) {

liveish_data <- reactive({
    invalidateLater(6000)
    lat <- runif(3000, min=51, max=53.5)
    lon <- runif(3000, min=4, max=8)
    DF_Actueel <- data.frame(lat,lon)
    print("refreshed")
    DF_Actueel
  })

  output$busmap = renderLeaflet({
    DF_Actueel <- liveish_data()
    map <- leaflet(options=list())%>%
      addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.HOT) %>%
      addMarkers(data = DF_Actueel)

    map
  })
}

shinyApp(ui, server)

问题

我在运行应用程序时检查我的任务管理器。我的问题是，当这个应用程序运行时，RStudio 会使用一些内存(在我的电脑上大约为 350MB)，并且每次更新时，Rshiny 的内存使用量都会增加 20MB。

> object.size(map)
148000 byte

这意味着几分钟后，Rstudio 内存不足。我给了它更多的内存...但这只是意味着它会稍后耗尽。

自己的研究

我看过类似的问题:

Shiny R reactivevalues memory leak -- 未答复

https://github.com/rstudio/shiny/issues/1551 -- 使用Observe()函数

https://github.com/rstudio/shiny/issues/1591 -- 我使用了 options(shiny.reactlog=TRUE) 并检查输出。我只有一个 map 对象

https://github.com/rstudio/shiny/issues/1151 -- 使用 Plotly 代替 leaflet，即使关闭也没有解决。

还有一些相同的主题和相同的未解答问题。

规范

Windows 10
24GB RAM
64-bit operating system
Intel(R) Core i7-6700HQ CPU @ 2.6GHz
R version 3.4.3 (2017-11-30)
leaflet 1.1.0
shinydashboard 0.6.1

希望有人能帮忙。谢谢:)

Answer 1

我将 addMarkers 移至 leafletProxy，以便 map 不会在 6 秒内重新渲染并加载到内存中。我认为如果您在添加新标记之前使用clearMarkers()，内存应该或多或少保持稳定。

这是代码:

library(shinydashboard)
library(leaflet)

ui <- fluidPage(
  dashboardBody(
    box(width = NULL, solidHeader = TRUE,
        leafletOutput("busmap", height = 900)
    )
  )
)

server <- function(input, output) {

  liveish_data <- reactive({
    invalidateLater(6000)
    lat <- runif(3000, min=51, max=53.5)
    lon <- runif(3000, min=4, max=8)
    DF_Actueel <- data.frame(lat,lon)
    print("refreshed")
    DF_Actueel
  })

  output$busmap = renderLeaflet({
    map <- leaflet(options=list())%>%
      addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.HOT)
    map
  })

  observe({
    DF_Actueel <- liveish_data()
    leafletProxy("busmap", deferUntilFlush=T) %>% 
      clearMarkers() %>% 
      addMarkers(data = DF_Actueel)
  })
}

shinyApp(ui, server)