structure - Bio.PDB如何识别异物残基？

Question

我想知道Bio.PDB如何将残基识别为异残基。
我知道，residual.id方法返回一个元组，其中第一项是hetery标志，第二项是残基标识符(数字)，第三项是插入代码。

但是内部代码如何决定在异物标志字段中放置什么？是否检查残基中的原子是HETATM记录还是ATOM记录？

还是会检查每个残基中的原子名称，并将其与一组杂原子进行比较？

我问的原因是因为在4MDH链B中，坐标部分的第一个残基是ACE(乙酰基)。它只有C和O原子，并且PDB文件将其列为HETATM。但是当该残基的残基.id为(''，0，'')时。

这是我的代码:

>>> from Bio.PDB.mmtf import MMTFParser
>>> structure = MMTFParser.get_structure_from_url('4mdh')
/Library/Python/2.7/site-packages/Bio/PDB/StructureBuilder.py:89: PDBConstructionWarning: WARNING: Chain A is discontinuous at line 0.
  PDBConstructionWarning)
/Library/Python/2.7/site-packages/Bio/PDB/StructureBuilder.py:89: PDBConstructionWarning: WARNING: Chain B is discontinuous at line 0.
  PDBConstructionWarning)
>>> chain = [c for c in structure.get_chains() if c.get_id() == 'B'][0]
>>> residue0 = [r for r in chain.get_residues() if r.id[1] == 0][0]
>>> residue0.id
(' ', 0, ' ')
>>> 

Answer 1

TL; DR:不是BioPython，而是进行解释的mmtf库。

从source code:

self.structure_bulder.init_residue(group_name, self.this_type,
                                   group_number, insertion_code)

在此创建残渣。第二个参数( self.this_type)是 init_residue中的 field / hetero flag

def init_residue(self, resname, field, resseq, icode):
    """Create a new Residue object.
    Arguments:
     - resname - string, e.g. "ASN"
     - field - hetero flag, "W" for waters, "H" for hetero residues, otherwise blank.

在 mmtfParser中，为 this_type中的整个链设置了 set_chain_info。

如果使用 mmtf导入相同的序列，则可以看到链0和1被视为聚合物，被BioPython解释为“规则”原子。这是有道理的，因为乙酸酯基团与肽链结合。

from mmtf import fetch
decoded_data = fetch("4mdh")
print(decoded_data.entity_list)

[{'chainIndexList': [0, 1],
  'description': 'CYTOPLASMIC MALATE DEHYDROGENASE',
  'sequence': 'XSE...SSA',
  'type': 'polymer'},
 {'chainIndexList': [2, 4],
  'description': 'SULFATE ION',
  'sequence': '',
  'type': 'non-polymer'},
 {'chainIndexList': [3, 5],
  'description': 'NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE',
  'sequence': '',
  'type': 'non-polymer'},
 {'chainIndexList': [6, 7],
  'description': 'water',
  'sequence': '',
  'type': 'water'}]

请注意，您可以通过索引访问BioPython中的模型，链和残基，例如 structure[0]['B'][0]将给您与问题中相同的原子。