r - 根据 R 中的 FDR (Benjamini & Hochberg)` 方法调整显着性阈值 (alpha)

Question

我知道 R 中的 p.adjust 函数，它可以很好地满足我的需求。但是，现在我想根据 FDR (Benjamini & Hochberg) 方法更正 significance threshold (alpha) 而不是 p-values 本身.例如，我们有十个原始 p 值:

0.0001,0.001,0.024,0.56,0.0077,0.55,0.0025,0.01,0.015,1

对于 Bonferroni，这非常简单:

alpha_Bonferroni_corrected = 0.01/ number of tests (10 in our example)=0.001

但是对于 FDR 来说，这会更加棘手。 R 中是否有相应的函数？

Answer 1

mutoss 包似乎提供了更大的灵 active

 library(mutoss)
 alpha <- 0.01
 set.seed(1234)
 p <-c(runif(10, min=0, max=0.01), runif(10, min=0.9, max=1))
 result <- adaptiveBH(p, alpha)
 result