r - R 中的非线性回归预测

Question

当我尝试使用 drc 包和 drm 函数将数据与非线性回归模型拟合时，我对此警告消息感到困惑。

我有

 N_obs <- c(1, 80, 80, 80, 81, 82, 83, 84, 84, 95, 102, 102, 102, 103, 104, 105, 105, 109, 111, 117, 120, 123, 123, 124, 126, 127, 128, 128, 129, 130)

 times <- c(3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32)

型号为

  model.drm <- drm(N_obs ~ times, data = data.frame(N_obs = N_obs, times = times), fct = MM.2())

警告来自预测

  preds <- predict(model.drm, times = times, interval = "confidence", level = 0.95)

There were 30 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
> warnings()
Warning messages:
1: In (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1) :
Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.
2: In (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1) :
Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.

3: In (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1) :
Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
Use c() or as.vector() instead.

我一直在尝试使用 as.vector(times)、c(times) 等来更改数据输入，但仍然无法摆脱警告。有人可以帮我找出问题所在吗？谢谢!!

Answer 1

我使用提供的示例数据重新运行了您的分析，并且可以重现您的警告。总结如下:

1. 适合 Michaelis-Menten model形式为 f(x; d, e) = d * (1 + e/x)^-1。

   # Fit a 2 parameter Michaelis-Menten model
   library(drc);
   fit <- drm(
       formula = N_obs ~ times,
       data = data.frame(N_obs = N_obs, times = times),
       fct = MM.2())
   

2. 根据模型拟合，预测原始次的响应。请注意，您可以在此处省略 newdata 参数，因为在这种情况下，predict 将仅使用拟合值(基于次)。

   # Predictions
   pred <- as.data.frame(predict(
       fit,
       newdata = data.frame(N_obs = N_obs, times = times),
       interval = "confidence", level = 0.95));
   pred$times <- times;
   

3. 可视化数据和预测。

   library(tidyverse);
   data.frame(times = times, N_obs = N_obs) %>%
       ggplot(aes(times, N_obs)) +
           geom_point() +
           geom_line(data = pred, aes(x = times, y = Prediction)) +
           geom_ribbon(
               data = pred,
               aes(x = times, ymin = Lower, ymax = Upper),
               alpha = 0.4);
   

模型拟合似乎合理，我想说可以安全地忽略警告(请参阅详细信息)。

详细信息

我查看了 drc 源代码，警告源自 predict.drc.R 的 201 行:

retMat[rowIndex, 3:4] <- retMat[rowIndex, 1] + (tquan * sqrt(varVal + sumObjRV)) * c(-1, 1)

在该行中，一个维度为 1 的数组被添加到一个数值向量中。

这是一个重现警告的简单示例:

arr <- array(5, dim = 1);
arr + c(1, 2);
#[1] 6 7
#Warning message:
#In arr + c(1, 2) :
#  Recycling array of length 1 in array-vector arithmetic is deprecated.
#  Use c() or as.vector() instead. 

注意结果仍然是正确的；只是 R 不喜欢一维数组和向量的相加，而更喜欢添加适当的标量和向量，或者向量和向量。