awk - 比较 awk 中的当前行和下一行

Question

我想找到这样的模式:当前行中的第 2 列是“C”，下一行中的第 2 列是“G”。文件的第 4 列是“CG”。我想比较第 1 与第 2、第 3 与第 4、第 5 与第 6，依此类推。然后打印几行当前行和下一行。“C”可以出现在偶数行和奇数行中。

输入如下:

chr1    C   10467   CHH CT  0.0 0   1
chr1    C   10469   CG  CG  0.0 0   1
chr1    G   10470   CG  CG  0.0 0   8
chr1    C   10471   CG  CG  0.0 0   1
chr1    G   10472   CG  CG  1.0 8   8

预期输出是，用制表符分隔符分隔:

chr1    C   10469   CG  CG  0.0 0   1
chr1    G   10470   CG  CG  0.0 0   8
chr1    C   10471   CG  CG  0.0 0   1
chr1    G   10472   CG  CG  1.0 8   8

我的代码是:

awk '{a=$2; c=$4; d=$0; e=NR; getline; f=$2; g=$4} {if (a == "C" && f == "G" && c == "CG" && g == "CG") {print d,e,"\n",$0,NR}}' input_file

我使用 getline 并检查下一行是否有“G”。问题是，如果我这样做，awk 将直接转到第三行，并且会错过一些行。例如，输入的第 2 列是:

Line 1: G
Line 2: C
Line 3: G
Line 4: C

预期的输出是第2行和第3行。但是，awk直接从第一行转到第三行，而不是逐行。因此，输出为无。

亲切的问候!

Answer 1

编辑(要将每一行与其下一行进行比较，请使用此行):现在使用 OP 的新示例添加此解决方案。

awk '
FNR>1{
  if(secCol=="C" && $2=="G" && fourthCol=="CG" && $4=="CG"){
    print prevLine ORS $0
  }
}
{
  secCol=$2
  fourthCol=$4
  prevLine=$0
}
'  Input_file

说明:为上述内容添加详细说明。

awk '
##Starting awk program from here.
FNR>1{
##Checking condition if current line number is more than 1 then do following.
  if(secCol=="C" && $2=="G" && fourthCol=="CG" && $4=="CG"){
##Checking condition if secCol is C AND 2nd column is G AND fourthCol is CG and 4th column is CG then do following. 
    print prevLine ORS $0
##Printing prevLine ORS and current line.
  }
}
{
  secCol=$2
##Creating secCol with 2nd column of current line.
  fourthCol=$4
##Creating fourthCol with 4th column of current line.
  prevLine=$0
##Setting prevLine to current line value.
}
'  Input_file ##Mentioning Input_file name here. 

---

---

初始解决方案(比较每个奇数行和偶数行):(OP 的示例在编辑后变得更加清晰，但也将这个解决方案保留在这里，以供将来的读者使用，以防它有帮助)您能否尝试以下操作，仅按照所示示例编写。这会检查上一行是否有第四列(fourthCol)也是 CG ，以防万一您不需要它，然后从以下内容中删除 && foruthCol=="CG" .

awk '
FNR%2==0{
  if(secCol=="C" && $2=="G" && fourthCol=="CG" && $4=="CG"){
    print prevLine ORS $0
  }
  prevLine=secCol=fourthCol=""
  next
}
{
  secCol=$2
  fourthCol=$4
  prevLine=$0
}
'  Input_file

输出如下。

chr1    C   10469   CG  CG  0.0 0   1
chr1    G   10470   CG  CG  0.0 0   8
chr1    C   10471   CG  CG  0.0 0   1
chr1    G   10472   CG  CG  1.0 8   8

说明:为上述内容添加详细说明。

awk '                          ##Starting awk program from here.
FNR%2==0{                      ##Checking condition if line number is divided by 2 or not.
  if(secCol=="C" && $2=="G" && fourthCol=="CG" && $4=="CG"){
##Checking condition if secCol is C AND 2nd column is G AND fourthCol is CG and 4th column is CG then do following.
    print prevLine ORS $0      ##Printing prevLine ORS and current line.
  }
  prevLine=secCol=fourthCol="" ##Nullifying prevLone, secCol, fourthCol here.
  next                         ##next will skip all further statements from here.
}
{
  secCol=$2                    ##Creating secCol with 2nd column of current line.
  fourthCol=$4                 ##Creating fourthCol with 4th column of current line.
  prevLine=$0                  ##Setting prevLine to current line value.
}
'  Input_file                  ##Mentioning Input_file name here.