r - gam 包上的命名空间说明符不起作用

Question

我不明白为什么下面的两个 gam 模型会产生不同的结果。唯一的区别是在其中一个模型中，我在函数 gam 和 s 之前添加了命名空间说明符 gam::。

我想这样做是因为我正在探索在 gam 包和 mgcv 包中运行 gam 函数之间的差异。

library(ISLR)  
library(gam) 
gam.m3 <- gam::gam(wage ~ gam::s(year,4) + gam::s(age,5) + education,data=Wage) 
gam.m3.orig <- gam(wage ~ s(year,4) + s(age,5) + education, data=Wage)

#Coefficients are different
coef(gam.m3)[1]; coef(gam.m3.orig)[1] 

#Models are different
gam.m3$df.residual; gam.m3.orig$df.residual

这是输出。看来系数和自由度不应该不同；事实上这两个模型应该是完全相同的。但是，它们是不同的，我不明白为什么。欢迎任何建议，我现在有点不知所措。

> library(ISLR)  
> library(gam) 
Loading required package: splines
Loading required package: foreach
Loaded gam 1.16

> gam.m3 <- gam::gam(wage ~ gam::s(year,4) + gam::s(age,5) + education,        data=Wage) 
Warning message:
In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) :
  non-list contrasts argument ignored
> gam.m3.orig <- gam(wage ~ s(year,4) + s(age,5) + education, data=Wage)
Warning message:
In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) :
  non-list contrasts argument ignored
> 
> #Coefficients are different
> coef(gam.m3)[1]; coef(gam.m3.orig)[1] 
(Intercept) 
  -2058.077 
(Intercept) 
  -2339.364 
> 
> #Models are different
> gam.m3$df.residual; gam.m3.orig$df.residual
[1] 2993
[1] 2986

Answer 1

gam 调用 gam.fit 并且 gam.fit 有用于处理平滑器的特定代码。仅当 model.frame 的“terms”属性在其“specials”属性中正确指定时，此代码才能正常工作。否则，平滑器的处理方式与任何其他函数一样，这显然会给出不同的结果。如果您想了解平滑器的处理方式到底如何不同，您需要详细研究 gam.fit 的源代码。

基本上，这显示了两次对 gam 调用之间的关键区别:

gam.smoothers()$slist
#[1] "s"      "lo"     "random"

attr(terms(wage ~ s(year,4) + s(age,5) + education, 
           specials = gam.smoothers()$slist), "specials")
#$s
#[1] 2 3
#
#$lo
#NULL
#
#$random
#NULL

attr(terms(wage ~  gam::s(year,4) + gam::s(age,5) + education, 
           specials = gam.smoothers()$slist), "specials")
#$s
#NULL
#
#$lo
#NULL
#
#$random
#NULL

为什么需要使用gam::s？调用 gam::gam 应该足以确保调用正确的平滑函数(通过命名空间查找):

gam::gam(wage ~ s(year,4) + s(age,5) + education,data=Wage)  

编辑:

好的，mgcv::s 实际上屏蔽了搜索路径上的 gam::s。可以找到解决该问题的一种方法there 。