perl - 如何从制表符分隔的数据文件中平均列值，忽略标题行和左列？

Question

我的任务是根据以下名为 Lab1_table.txt 的数据文件计算平均值:

retrovirus      genome  gag     pol     env
HIV-1           9181    1503    3006    2571
FIV             9474    1353    2993    2571
KoRV            8431    1566    3384    1980
GaLV            8088    1563    3498    2058
PERV            8072    1560    3621    1532

我必须编写一个脚本来打开和读取这个文件，通过将内容拆分成一个数组来读取每一行并计算数值的平均值(genome，gag, pol, env), 并将上述每一列的平均值写入新文件。

我一直在尽最大努力弄清楚如何不考虑第一行或第一列，但每次我尝试在命令行上执行时，我都会不断出现“显式包名称”错误.

Global symbol @average requires explicit package name at line 23.
Global symbol @average requires explicit package name at line 29.
Execution aborted due to compilation errors.

我知道这涉及 @ 和 $，但即使知道我也无法更改错误。

这是我的代码，但我要强调的是我是上周刚开始的初学者:

#!/usr/bin/perl -w
use strict;

my $infile = "Lab1_table.txt"; # This is the file path
open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!";

my $count = 0;
my $average = ();

while (<INFILE>) {
    chomp;
    my @columns = split /\t/;
    $count++;
    if ( $count == 1 ) {
        $average = @columns;
    }
    else {
        for( my $i = 1; $i < scalar $average; $i++ )  {
            $average[$i] += $columns[$i];
        }
    }
}

for( my $i = 1; $i < scalar $average; $i++ ) {
    print $average[$i]/$count, "\n";
}

如果有任何见解，我将不胜感激，如果合适，我也非常感谢通过列表编号让我知道您在每个步骤中所做的事情。我想学习，如果我能够通读某人的流程，这对我来说会更有意义。

Answer 1

这里是你需要改变的地方
为 header 使用另一个变量

my $count = 0;
my @header = ();
my @average = ();

然后改变if语句里面的逻辑

if ( $count == 1 ) {
    @header = @columns;
}

现在不要使用 @average对于限制，使用 $i < scalar @columns对于 else 语句。最初 @average为零，您将永远不会进入 for 循环。

else {
    for( my $i = 1; $i < scalar @columns; $i++ )  {
        $average[$i] += $columns[$i];
    }
}

最后加上-1到你的柜台。请记住，您在解析 header 时会增加计数器

for( my $i = 1; $i < scalar @average; $i++ ) {
    print $average[$i]/($count-1), "\n";
}

这是最终代码
你可以利用 @header整齐地显示结果

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my $infile = "Lab1_table.txt"; # This is the file path
open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!"; 

my $count = 0;
my @header = ();
my @average = ();

while (<INFILE>) {
    chomp;


    my @columns = split /\t/;
    $count++;
    if ( $count == 1 ) {
        @header = @columns;
    }
    else {
        for( my $i = 1; $i < scalar @columns; $i++ )  {
            $average[$i] += $columns[$i];
        }
    }
} 

for( my $i = 1; $i < scalar @average; $i++ ) {
    print $average[$i]/($count-1), "\n";
}

还有其他方法可以编写此代码，但我认为最好只更正您的代码，这样您就可以轻松理解您的代码有什么问题。希望对你有帮助