r - 从 GitHub 更新所有包

Question

我知道您可以使用以下语法从 CRAN 安装软件包:

install.packages(c("Rcpp"), dependencies=TRUE)

您可以通过以下方式从 CRAN 更新所有内容:

update.packages()

另一方面，您可以使用以下命令从 GitHub 安装包(编译它们):

install_github("hadley/tidyr")

如何升级所有 GitHub 软件包？

我的意思是无需一次重新安装(和编译)它们。类似 github 的 update.packages() 。

Answer 1

这对我有用。它会遍历库中的所有包，而不仅仅是加载的包。

update_github_pkgs <- function() {

  # check/load necessary packages
  # devtools package
  if (!("package:devtools" %in% search())) {
    tryCatch(require(devtools), error = function(x) {warning(x); cat("Cannot load devtools package \n")})
    on.exit(detach("package:devtools", unload=TRUE))
  }

  pkgs <- installed.packages(fields = "RemoteType")
  github_pkgs <- pkgs[pkgs[, "RemoteType"] %in% "github", "Package"]

  print(github_pkgs)
  lapply(github_pkgs, function(pac) {
    message("Updating ", pac, " from GitHub...")

    repo = packageDescription(pac, fields = "GithubRepo")
    username = packageDescription(pac, fields = "GithubUsername")

    install_github(repo = paste0(username, "/", repo))
  })
}