r - 如何将变量传递到 R markdown .Rmd 文件中？

Question

我正在尝试创建一个通用的 rmarkdown 模板来对数据框进行分析。我希望能够将数据帧传递到 rmarkdown 文件，而不是每次都对其进行硬编码。

下面是我一直在尝试的一个片段。您可以在顶部看到我必须加载数据框(mtcars)。我还手动识别自变量 (ivs) 和因变量 (dvs)。我想将它们作为参数传递。我正在尝试做一个快速但肮脏的 SPSS Explore 功能版本。 “探索.Rmd”:

```{r}
library(ggplot2)
data(mtcars)
mtcars$am <- factor(mtcars$am, levels=c(0,1), labels=c("Manual", "Automatic"))
df <- mtcars
ivs <- c("cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "am", "qsec")
dvs <- c("mpg", "qsec")
```

Histograms
-------------------------------------

```{r}
for (v in union(ivs, dvs))
{
  hist <- ggplot(df, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
  print(hist)
}
```

我想要看起来像这样的代码，以使用knitr或类似的东西生成HTML。

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")
magic("Explore.Rmd", myDF, ivs, dvs) # <- how do I do this part?

那么，是否可以有一个静态 rmarkdown 文件并向其传递参数？或者还有其他方法可以完成我想做的事情吗？

Answer 1

另一种选择是在 rmarkdown::render 函数中使用 params 列出变量，请参阅:http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html 。

首先，在 rmarkdown 文档的 YAML 中声明并提供参数的默认值:

---
title: My Document
output: html_document
params:
    df: !r data(mtcars); mtcars
    ivs: ["cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "am", "qsec"]
    dvs: ["mpg", "qsec"]
---

然后可以通过列表params在报告正文中访问这些内容:

Histograms
-------------------------------------

```{r}
for (v in union(params$ivs, params$dvs))
{
   hist <- ggplot(params$df, aes_string(x=v)) + geom_histogram()
   print(hist)
}
```

最后，通过将命名参数列表传递给 rmarkdown::render 来覆盖默认值:

myDF <- read.delim("mydata.tab")
ivs <- c("iv1", "iv2", "iv3")
dvs <- c("dv1", "dv2", "dv3")
rmarkdown::render("MyDocument.Rmd", 
                  params = list(df = myDF, ivs = ivs, dvs = dvs))

由于 YAML 定义了默认值，因此只需提供希望覆盖的内容，例如，

rmarkdown::render("MyDocument.Rmd", params = list(ivs = c("cyl", "wt")))

仍将使用mtcars数据集，但仅绘制cyl、wt、mpg和qsec。