winbugs - 当指定 burnin 和 thinning 时，JAGS/BUGS 节省了多少次迭代？

Question

我有一个关于在 JAGS 和 BUGS 中运行模型的细节的快速问题。

假设我使用 n.burnin=5000、n.iter=5000 和 thin=2 运行模型。这是否意味着该程序将:

1. 运行 5,000 次迭代，并丢弃结果；然后
2. 再运行 10,000 次迭代，只保留每秒的结果？

如果我将这些模拟保存为 CODA 对象，是全部保存 10,000 个，还是只保存稀疏的 5,000 个？我只是想了解哪一组迭代用于制作 ACF 图？

Answer 1

对于 JAGS，n.burnin=5000、n.iter=5000 和 thin=2，意味着您什么都不保留。你运行 5000，丢弃这 5000 个中的前 5000 个，然后只保留链中剩余值的一半(保留 1 个值并丢弃下一个 ..)。

例如使用 n.burnin=2000, n.iter=7000, thin=50, n.chains=5 :所以你有 (7000-2000)/50 * 5 = 500 个值.