r - 如何在 BRugs 中找到后验模式

Question

我正在尝试使用 R 包“BRugs”来实现 Gibbs 采样器，但是生成后验汇总统计的函数(例如 samplesStats())仅返回均值和中位数。是否可以提取后验模态？

Answer 1

samplesSample 函数将为您提供完整的 MCMC，用于说明，使用 BRugs 帮助文件中的示例...

###    Step by step example:    ###
library("BRugs") # loading BRugs

## Prepare the example files in a temporary directory
exfiles <- dir(options()$OpenBUGSExamples, pattern="^Rats.*txt$", full.names=TRUE)
ok <- file.copy(exfiles, tempdir())

## Now setting the working directory to the temporary one:
oldwd <- setwd(tempdir())

## some usual steps (like clicking in WinBUGS):
modelCheck("Ratsmodel.txt")          # check model file
modelData("Ratsdata.txt")            # read data file
modelCompile(numChains=2)            # compile model with 2 chains
modelInits(rep("Ratsinits.txt", 2))  # read init data file
modelUpdate(1000)                    # burn in
samplesSet(c("alpha0", "alpha"))     # alpha0 and alpha should be monitored
modelUpdate(1000)                    # 1000 more iterations ....

可以提取 MCMC 样本，比如 alpha 节点，并通过它做任何你喜欢的事情，

alpha0<-samplesSample("alpha0")
hist(alpha0)