r - 尝试在 R 中打开 netcdf 文件的外部函数调用中的 NA

Question

我在 R 版本 3.0.2 中使用库 ncdf。我试图一遍又一遍地打开和关闭一些 netcdf(我可以解释为什么，但这个问题不需要它)。

sapply(1:14000, function(whatever) {
    print(whatever)
      sapply(prediction.cdfs, function(cdf) {
        print(file.path(cdf.dir, cdf))
        nc = open.ncdf(file.path(cdf.dir, cdf))
        close.ncdf(nc)
      })
})

在一遍又一遍地打开和关闭之后，它最终失败并出现此错误:

[1] 3329                                                                                             

[1] "/opt/devel/cdfs/file_one.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_two.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_three.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_four.cdf"

[1] "/opt/devel/cdfs/file_five.cdf"

Error in open.ncdf(file.path(cdf.dir, cdf)) : 
  NAs in foreign function call (arg 1)

有人知道这是怎么回事吗？该错误本质上似乎是随机的。它对外部函数调用咆哮的时间是可变的。我是在寻找解释还是只是寻找解决方法？

谢谢

Answer 1

我认为问题出在我分析的前一步中与相同文件的未关闭连接。我在 Linux 系统上运行它，所以我在循环运行时使用 跟踪打开的文件连接

watch ls -l /proc/${PID}/fd

连接打开和关闭都很好，但我从之前的分析中看到了一些旧连接。我关闭它们，一切运行正常!!!