r stat_contour 多边形填充不正确

Question

当我将stat_contour与多边形一起使用时，某些区域不应该被填充，因为那里没有数据，我在图中标记了它们。有谁知道如何避免这种情况？另外，坐标轴和绘图区域之间有空格，如何去掉？!

这是绘图代码:

plot_contour <- function (da, native ) {
  h2d<-hist2d(da$germ_div,da[[native]],nbins=40,show=F)
  h2d$counts<-h2d$counts+1
  counts<-log(h2d$counts, base=10)
  rownames(counts)<-h2d$x
  colnames(counts)<-h2d$y
  counts<-melt(counts)
  names(counts)<-c('x','y','z')
  ggplot(counts,aes(x,y))+

  stat_contour(expand=c(0,0),aes(z=z,fill=..level..),geom='polygon')+
  stat_contour( data=counts[counts$x<=75,],aes(z=z,fill=..level..),bins=50,geom='polygon')+
  scale_fill_gradientn(expand=c(0,0),colours=rainbow(1000),
                     limits=c(log(2,base=10),4),na.value='white',guide=F)+
  geom_contour(aes(z=z,colour=..level..),size=1.5)+
  scale_color_gradientn(colours=rainbow(30),limits=c(log(2,base=10),4),na.value='white', 
                            guide=F) + theme_bw()+
  scale_x_continuous(expand=c(0,0),limits=c(0,50))+ 
 scale_y_continuous(expand=c(0,0),limits=c(40,100))+ 
  labs(x=NULL, y=NULL, title=NULL)+ 
       theme(axis.text.x = element_text(family='Times', colour="black", size=20, angle=NULL, 
             hjust=NULL,vjust=NULL,face="plain"),
             axis.text.y = element_text( family='Times', colour="black", size=20,angle=NULL, 
             hjust=NULL,vjust=NULL,face="plain")
          )

       }

da<-read.table('test.txt',header=T)
i<-'test'

plot_contour(da,i)

Answer 1

这不适合评论，因此作为答案发布:

stat_contour 不能处理未很好闭合的多边形。此外，手动设置箱时会出现精度问题，从而实际的轮廓计算可能会被吓坏(当轮廓箱与绘图数据相同但由于精度问题而未被识别为相同时，就会发生这种情况) .

您可以通过在每个方向上将网格扩展 1 来解决第一个问题，然后将矩阵中低于您关心的最低值的每个值设置为任意低值。这将强制轮廓计算关闭所有在绘图边缘处打开的多边形。然后，您可以使用 coord_cartesian(xlim=c(...)) 设置限制，以使轴与图形齐平。

第二个问题我不知道有什么好的方法可以在不修改ggplot代码的情况下解决。您可能不会受到此问题的影响。