scikit-learn - 在没有图集的情况下安装 sci-kit learn

Question

我正在尝试安装 scikit-learn，这样它就无法访问 ATLAS(其他 BLAS 和 LAPACK 库可以)。有没有办法设置安装以便不使用 ATLAS？很抱歉这个基本问题，但我看不出有什么好的方法。

我想这样做的原因:我在一个无法构建 atlas 的集群上工作，但它的预安装版本已损坏(在 16 核上编译，节点上只有 8 核，pthread 问题)，所以当我安装 scikit-learn 时，我的 scikit-learn 尝试启动这些库，但我遇到了错误。

谢谢

编辑:似乎我有一些问题，实际上在我针对 openblas 编译它之后 scipy 仍然坏了。在我得到的一个单元测试中:

断言 !pthread_create(&thr->thrH, &attr, rout, arg) 失败，文件/var/tmp/portage/sci-libs/atlas-3.10.1-r2/work/ATLAS//src/的第 111 行线程/ATL_thread_start.c

现在有点渺茫，但知道为什么我的 scipy 构建甚至在查看 ATLAS 吗？

Answer 1

Numpy、scipy 和 scikit-learn 都会尝试链接到 ATLAS(如果找到的话)。如果在系统上找不到 ATLAS 或其他 BLAS/LAPACK，则 scikit-learn 可以针对其自己的嵌入式 BLAS 子集进行构建，而 scipy 无论如何都需要 BLAS/LAPACK 实现。

您可以做的是针对本地构建的 ATLAS 或 OpenBLAS 构建您自己的 numpy、scipy 和 scikit-learn 版本(后者在 github 上的 master 分支)。

为此，您需要在构建之前自定义 numpy 和 scipy 源文件夹中的 site.cfg 文件。

此外，您还应该使用类似以下内容构建 OpenBLAS:

make TARGET=NEHALEM NO_AFFINITY=1 NUM_THREADS=8 USE_OPENMP=0