unix - Unix Grep 的更快替代方案

Question

我正在尝试执行以下操作

$ grep ">" file.fasta > output.txt

但是当输入的 fasta 文件很大时，花费的时间会很长。

输入文件如下所示:

>seq1
ATCGGTTA
>seq2
ATGGGGGG

有更快的替代方案吗？

Answer 1

对所有这些使用时间命令

$> time grep ">" file.fasta > output.txt

$> time egrep ">" file.fasta > output.txt

$> time awk  '/^>/{print $0}' file.fasta > output.txt -- If ">' is first letter

如果你看到输出..它们几乎是相同的。

在我看来，如果数据是列格式，那么使用awk来搜索。