sparql - 门生看到了关系，而大师却没有

Question

查看go-plus ontology在新安装的 Protégé 5 中，我在实体选项卡中发现了一个有用的推论 http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215 :

“心脏右心室形态发生”“导致”某些“心室”的形态发生

“形态发生的结果”在这种情况下是 http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002298 “心室”是http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0002082

如果我将相同的本体加载到 Virtuoso Open Source 07.20.3217 中并描述 http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215 ，没有列出与“心室”的关系。 (Even after enabling OWL inference.)

但是，http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003215 链接到匿名节点

rdf:type           owl:Restriction 
owl:onProperty     n3:RO_0002298 
owl:someValuesFrom n3:UBERON_0002080 

其中n3是http://purl.obolibrary.org/obo/

是否有 Virtuoso 配置可以在 describe View 中清楚地说明这种关系？

是否有一些简洁的 SPARQL 语法可以使关系变得清晰？目前，我正在使用

select distinct ?goid (str(?goterm) as ?go_str)
?svf (str(?anatomy ) as ?anat_str)
where
{
  ?goid obo:hasOBONamespace 'biological_process'^^xsd:string .
  ?goid  rdfs:label ?goterm .
  ?goid rdfs:subClassOf+ ?parent .
  ?parent owl:someValuesFrom* ?svf .
  ?svf rdfs:subClassOf+
  <http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0001062> .
  ?svf rdfs:label ?anatomy
}

Answer 1

这里有很多事情在起作用。

您可以使用属性路径来实现传递性，如 @ASKW 的评论中所述。

如果您想利用 Virtuoso 的 built-in reasoning对于 RDF Schema 描述的关系类型(rdfs:subClassOf、rdfs:subPropertyOf、rdfs:subClassOf)或 OWL (owl:equivalentProperty、owl:equivalentClass、owl:SymmetricProperty、owl:inverseOf 等)，然后您可以利用 @MarkMiller 的评论中描述的推理规则 pragma(注意引用 blog post about that usage pattern )。

如果您想编写自定义推理规则(即 use SPARQL as your Inference Rules language )，那么您将需要 Virtuoso 8.0(即将推出)来提供该功能。请注意，这是最终的解决方案，因为您可以使用 SPARQL 编写自己的算法。