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fortran - 在 Fortran 中读取 HDF5 数据集子集的问题

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-02 01:32:39 25 4
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我有一个非常大的 HDF5 文件,希望使用 FORTRAN 读取其中的一小部分。到目前为止,我的尝试都失败了,而且我对文档感到困惑。
您可以提供给 FORTRAN 新手(但合理的 C/python 编码器)的任何指针将不胜感激。

特别是我真的很难理解数据空间和内存空间是什么,在我的代码中,根据我阅读的文档,它们似乎没有按照我的预期执行。不过,这可能是我自己的白痴!

这就是我正在尝试的:

integer, allocatable                    :: tmpdata(:,:) ! Array to contain data subset
integer(HID_T) :: fid ! HDF5 File ID
integer(HID_T) :: did ! Dataset ID
integer :: error ! Error variable
integer(HSIZE_T), dimension(1:2) :: count ! Number of px to read (x,y)
integer(HSIZE_T), dimension(1:2) :: offset ! Starting point for read (x,y)
integer(HID_T) :: dataspace ! Dataspace
integer(HID_T) :: memspace ! Memoryspace

offset=(/58000,22000/) ! Set offset in 2d dataset
count=(/1200,1200/) ! Set # pixels to read (1200x1200 slab)
allocate(tmpdata(1200,1200)) ! Allocate space to store this slab

call h5open_f(error)
call h5fopen_f ("myfile.h5", H5F_ACC_RDWR_F, fid, error) ! Open HDF5 file

call h5dopen_f(fid, "mydataset", did, error) ! Open dataset
call h5dget_space_f(did, dataspace, error) ! Retrieve dataspace


call h5screate_simple_f(2, count, memspace, error) !Create memspace, rank=2,size=1200x1200
call h5sselect_hyperslab_f(dataspace, H5S_SELECT_SET_F, offset, count, error) ! Select slab in the data
call h5dread_f(did, H5T_NATIVE_INTEGER, tmpdata, dimsm, error,memspace,dataspace) ! Read the data from the HDF5 file into the tmpdata array

! Close everything
-snip-

一切顺利,直到 h5dread_f 调用。然后我得到一个段错误。如果我将 tmpdata 设置为 HDF5 文件中实际数据集的大小,那么它就可以工作,但这不是一个好的解决方案,因为对于某些文件,数据集太大而无法存储在内存中。
有任何想法吗?希望我只是在做一些愚蠢的事情。如果重要的话,我在 Ubuntu 14.04 上使用 ifort 和 HDF5-1.8.15 Patch 1 进行编译

最佳答案

根据您对变量 dimsm 的描述和遗漏,我猜你已经将该变量设置为你正在阅读的变量的完整维度。这些维度应该是您设置的超切片的维度,这也是您保存 tmpdata 中读取结果的变量的维度。 .您可以使用用于创建超切片的相同阵列,count在通话中阅读。

改变:

call h5dread_f(did, H5T_NATIVE_INTEGER, tmpdata, dimsm, error,memspace,dataspace)       


call h5dread_f(did, H5T_NATIVE_INTEGER, tmpdata, count, error,memspace,dataspace)    

你的阅读应该有效。

发生的事情(如果我的假设是正确的)是 dimsm包含完整数据集维度的值(或两个维度中大于 1200 的任何值),因此读取数据的调用尝试读取数据空间边界之外的数据(在给定的偏移处设置为 1200x1200 View )和如果这不是段错误,那么它会尝试将大于 1200x1200 的读取值放入 1200x1200 变量 tmpdata .

关于fortran - 在 Fortran 中读取 HDF5 数据集子集的问题,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/33323765/

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