r - 如何在删除提示后始终如一地绘制一棵树？

Question

想象我有一棵树(或树状图)

require(ape)
fulltree <- rtree(n=50, br=NULL)

...然后我删除了一些提示

prunetree <- drop.tip(fulltree,node=5)

如果我绘制修剪后的树，R 会重新缩放它以便只考虑剩余的那些提示。

par(mfrow=c(1,2))
plot(fulltree, type="fan")
plot(prunetree, type="fan")

但这使得很难判断树的哪一部分现在丢失了。

有没有一种简单的方法可以让我以相同的比例/排列/等绘制修剪后的树。作为完整的树，剩下的 Twig 似乎都没有四处移动？ (在这个例子中，我会得到某种吃 bean 人的形状而不是一个完整的圆圈)我认为这可以通过将 Twig 涂成白色或浅灰色来完成。如果有人想为一棵失去 treetop 的树制作动画，那将非常有用。

Answer 1

这个问题，正如您所说，数据已从新树中删除，因此会重新缩放。要解决此问题，您最好为所需的提示使用新颜色绘制树。

我们可以使用出色的包 ggtree 来做到这一点(除其他方法外):

set.seed(1234)

library(ggtree)
library(gridExtra)

fulltree <- rtree(n=10, br=NULL)
col <- rep(1, 2*fulltree$Nnode + 1)
col[5] <- 10

grid.arrange(ggtree(fulltree, layout = "fan") + geom_text(aes(label=label)),
             ggtree(fulltree, col = col, layout = "circular") + geom_text(aes(label=label)))

实际着色来自col[5] <- 20 : 更改 col[5]到您想要的掉落尖端，然后 20 到您想要的颜色。