r - 在 tagcloud 中保留大写字母

Question

我想制作一个标签云来可视化基因频率。

library(wordcloud)

genes_snv <- read.csv("genes.txt", sep="", header=FALSE)

wordcloud(genes_snv$V1,
          min.freq=15,
          scale=c(5,0.5),
          max.words=100,
          random.order=FALSE,
          rot.per=0.3,
          colors=brewer.pal(8, "Dark2"))

这是我的代码，但它将所有内容都转换为小写(对基因名称没有用)。我怎样才能避免这种情况？

genes.txt 开头为

Fcrl5
Etv3
Etv3
Lrrc71
Lrrc71
(...)

Answer 1

当 freq 参数丢失时 wordcloud 调用 tm::TermDocumentMatrix，我猜它在内部调用函数 tolower在计算频率之前。

为了避免调用 tm，我们可以提供自己的频率，参见示例:

# dummy data
set.seed(1)
genes <- c("Fcrl5","Etv3","Etv3","Lrrc71","Lrrc71")
genes <- unlist(sapply(genes, function(i)rep(i, sample(1:100,1))))

# get frequency
plotDat <- as.data.frame(table(genes))

# plot
wordcloud(word = plotDat$genes, freq = plotDat$Freq,
          min.freq=15,
          scale=c(5,0.5),
          max.words=100,
          random.order=FALSE,
          rot.per=0.3,
          colors=brewer.pal(8, "Dark2"))