makefile - Snakemake:命名规则而不是目标文件

Question

这是蛇形教程高级部分的一个简短示例:

rule bwa_map:
input:
    "data/genome.fa",
    lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
output:
    "mapped_reads/{sample}.bam"
threads: 8
shell:
    "bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}"

现在假设我几个月前写了这个规则，我不记得输出文件名。
我的理解是我不能通过调用规则名称来运行 snakemake，因为这会导致错误:

$ snakemake bwa_map
InputFunctionException in line 9 of Snakefile:
AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'sample'
Wildcards:

$

首先，我不明白为什么 snakemake 不能使用 lambda 函数从配置文件中推断出输入文件，因为很明显我引用了“示例”部分。

其次，是否有解决方法？
因为使用旧的 Makefile 非常容易，只需使用旧的 Makefile 并通过键入类似的内容运行相同的 bwa_map 规则

$ make bwa_map INPUT=data/samples/A.fastq

在此先感谢您的帮助。
拜诺主义者

Answer 1

如果您将规则名称指定为目标并且该规则包含通配符，则 Snakemake 无法知道要为通配符使用什么值。在这种情况下，这只能从具体的输出文件中确定。
此输出文件可以来自下游规则，例如Snakefile 顶部的真正“全部”目标，或直接在命令行中提供。

但是，如果您在 Snakefile 顶部有适当的目标规则，则有 --until 标志，它允许您仅在给定规则之前执行工作流。

关于您的 make 示例，我不知道此功能。你能指点我关于这个的文档吗？我也可能会添加类似于 Snakemake 的东西。

另请注意，我只是在 Snakemake 的开发版本中改进了这种情况下的错误消息。它现在提供了更多信息并解释了问题。