r - Kohonen 包 : Error in sample(1:nd, ng，替换 = FALSE)

Question

我正在尝试针对我的 23 个样本的表达数据(约 500 个基因)运行一个受监督的自组织映射。23 个样本分为 4 组。我想获得这 4 个组中具有相似表达模式的基因图谱。

当使用Kohonen包的xyf函数进行监督建模时，

data.xyf<-xyf(data,Y=annotation)

我遇到了以下错误:

Error in sample(1:nd, ng, replace = FALSE) : cannot take a sample larger than the population when 'replace = FALSE'

我找不到在函数中调用 replace=T 的位置。包手册中没有关于此主题的信息。

Answer 1

您显然拥有比观察更多的细胞:您可以减少网格的尺寸(默认为 8*6)如文档 ?xyf 中的示例所示。

xyf(data, Y=annotation, grid=somgrid(3,2))