r - knit() 内的 purl() 重复标签错误

Question

我正在编织一个 .Rmd 文件，并且希望在每次运行 knit 时有两个输出:html 和 purl'ed R 脚本。这可以通过以下 Rmd 文件来完成:

---
title: "Purl MWE"
output: html_document
---

```{r}
## This chunk automatically generates a text .R version of this script when     running within knitr.
input  = knitr::current_input()  # filename of input document
output = paste(tools::file_path_sans_ext(input), 'R', sep = '.')
knitr::purl(input,output,documentation=1,quiet=T)
```

```{r}
x=1
x
```

如果您不命名该 block ，它会正常工作，并且每次运行 knit() (或在 RStudio 中单击 knit)时都会获得 html 和 .R 输出。

但是，如果您命名该 block ，它将失败。例如:

<小时/>

title: "Purl MWE"
output: html_document
---

```{r}
## This chunk automatically generates a text .R version of this script when     running within knitr.
input  = knitr::current_input()  # filename of input document
output = paste(tools::file_path_sans_ext(input), 'R', sep = '.')
knitr::purl(input,output,documentation=1,quiet=T)
```


```{r test}
x=1
x
```

它失败了:

Quitting from lines 7-14 (Purl.Rmd) 
Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src) : duplicate label 'test'
Calls: <Anonymous> ... process_file -> split_file -> lapply -> FUN -> parse_block
Execution halted

如果注释掉purl()调用，它将与指定的 block 一起使用。因此，purl() 调用也是如何命名 block 的，这会导致 knit() 认为存在重复的 block 名称，即使没有重复项也是如此。

有没有办法在 .Rmd 文件中包含 purl() 命令，以便生成两个输出(html 和 R)？或者有更好的方法来做到这一点吗？我的最终目标是使用新的 rmarkdown::render_site() 构建一个网站，该网站在每次编译网站时都会更新 HTML 和 R 输出。

Answer 1

您可以通过在文件中包含 options(knitr.duplicate.label = 'allow') 来允许重复标签，如下所示:

title: "Purl MWE"
output: html_document
---

```{r GlobalOptions}
options(knitr.duplicate.label = 'allow')
```


```{r}
## This chunk automatically generates a text .R version of this script when     running within knitr.
input  = knitr::current_input()  # filename of input document
output = paste(tools::file_path_sans_ext(input), 'R', sep = '.')
knitr::purl(input,output,documentation=1,quiet=T)
```


```{r test}
x=1
x
```

此代码未记录在 knitr 上网站，但您可以直接从 Github 跟踪最新更改:https://github.com/yihui/knitr/blob/master/NEWS.md