skbio - 尝试导入 skbio 模块时未找到 future.utils.6

Question

我刚刚使用 pip3 安装了 numpy 和 scikit-bio。如果我在交互式 session 中导入 DNASequence，我会收到一条错误消息:

>>> from skbio.sequence import DNASequence
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/__init__.py", line 64, in <module>
    from skbio.stats.distance import DistanceMatrix
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/__init__.py", line 293, in <module>
    from ._base import (DissimilarityMatrixError, DistanceMatrixError,
  File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/stats/distance/_base.py", line 11, in <module>
    from future.utils.six import StringIO, string_types
ImportError: No module named 'future.utils.six'

运行“pip3 list”显示已安装六个 1.8.0。更奇怪的是，如果我重复 import 语句，DNASequence 就会正确加载。知道是什么导致了这种行为吗？

我正在运行 Mac OS X 10.9.5 (Mavericks)、Python 3.4.1(通过自制软件安装)。

Answer 1

这是由于版本 0.14.0 中的 future 软件包发生更改而导致的问题(删除了 future.utils.six，如 here 中所述)。

我们已在 scikit-bio 的开发版本中修复了此问题，但与此同时，您可以使用发行版本再次使其正常工作，如下所示:


pip 卸载 future
pip install future==0.13.1


参见here如果您有兴趣，可以进一步讨论该问题。