r - tryCatch 错误

Question

我有一段代码，其中使用 for 循环读取和分析文件列表。由于我必须分析多个文件，因此我想使用 tryCatch 来打印引发问题的文件的名称。我的文件的一个常见问题是缺少列名，我的意思是，它应该在文件中:

ID; close; description
1;20-12-2017;0.5;"description1"

代替

ID; date; close; description
1;20-12-2017;0.5;"description1"

这显然会引发错误，因为列名的数量与列数不匹配。

为了检测此错误，我正在执行以下代码:

  for (i in 1:length(files)){
    tryCatch({
    name<-as.character(files[i])
    dat<-read.table(name,header = T,sep="@",dec=",",comment.char = "")
    },
    error<-function(e){
    print("error in file",files[i])
    })

其中 files 是分析文件的名称列表。

所以，我正在尝试打印导致问题的文件名。

我的代码得到的traceback是:

3.stop("bad handler specification") 
2.tryCatch({
    name <- as.character(files[i])
    dat <- read.table(name, header = T, sep = "@", dec = ",", 
        comment.char = "") ... 
1.data_function(files) 

我之前没用过tryCatch，所以可能是条件问题，但我不确定。

谢谢!

更新

我有一个新代码是:

  for (j in 1:length(files)){

    name<-as.character(files[j])

    possibleError<-tryCatch({
        dat<-read.table(name,header = T,sep="@",dec=",",comment.char = "")
    },
    warning = function(w) {
        print(paste("Warning:", w, "in file:", name))
    },
    error<-function(e){
        print(paste("Error:", e, "in file:",name))
    },
    finally = {
        print(paste("End proc. :", name))
    }
    )


    if(!inherits(possibleError, "error")) {

        # do things
    }
    else{next}
}

因为我要检测有错误的文件，还要继续循环。

问题是它没有继续循环，因为其中一个文件中有错误，错误打印也不起作用，如您所见:

[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171119\\C0.GBMRISK.1100000156062.txt"
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171119\\C0.GBMRISK.1100000156063.txt"
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171220\\C0.GBMRISK.1100000156064.txt"
 Show Traceback

 Rerun with Debug
 Error in read.table(name, header = T, sep = "@", dec = ",", comment.char = "") : 
  duplicate 'row.names' are not allowed  

[1]"End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171220\\C0.GBMRISK.1100000156065.txt"

Answer 1

由于拼写错误 error，您收到“错误的处理程序规范”错误tryCatch 的参数.只有=可用于指定参数名称，例如

tryCatch(stop("no"), error = function(e) cat("Error: ",e$message, "\n"))


这也是错误没有被捕获的原因。请注意，按名称指定参数与赋值(创建绑定(bind))不同。在后者中，您可以使用 <- (它有时是首选，因为它清楚地表明这是一项任务)以及 = .在前者中，您只能使用 = .