r - 如何在tryCatch中显示错误位置？

Question

在使用 tryCatch 处理异常时，使用 options(show.error.locations = TRUE) 显示错误位置似乎不起作用。我正在尝试显示错误的位置，但我不知道如何:

options(show.error.locations = TRUE)

tryCatch({
    some_function(...)
}, error = function (e, f, g) {
    e <<- e
    cat("ERROR: ", e$message, "\nin ")
    print(e$call) 
})

如果我然后查看变量e，该位置似乎不存在:

> str(e)
List of 2
 $ message: chr "missing value where TRUE/FALSE needed"
 $ call   : language if (index_smooth == "INDEX") {     rescale <- 100/meanMSI[plotbaseyear] ...
 - attr(*, "class")= chr [1:3] "simpleError" "error" "condition"

如果我不捕获错误，它将与源文件和行号一起打印在控制台上。如何用tryCatch来做呢？

Answer 1

上下文

正如 Willem vanDoesburg 所指出的，不可能使用 traceback() function使用 tryCatch() 显示错误发生的位置，据我所知，目前没有实用的方法可以在使用 tryCatch 时使用 R 中的基本函数存储错误的位置.

单独的错误处理程序的想法

我找到的可能的解决方案由两部分组成，主要的部分是编写一个类似于 Chrispy from "printing stack trace and continuing after error occurs in R" 的错误处理程序它会生成一个包含错误位置的日志。第二部分是将输出捕获到变量中，类似于 Ben Bolker in "is it possible to redirect console output to a variable" 的建议。 .

当错误发生并处理时，R 中的调用堆栈似乎会被清除(我可能是错的，因此欢迎任何信息)，因此我们需要在错误发生时捕获错误。

脚本有错误

我使用了您之前关于 where 和 R error occured 的问题之一中的示例。将以下函数存储在名为“TestError.R”的文件中，我在下面的示例中调用该文件:

# TestError.R
f2 <- function(x)
{
    if (is.null(x)) "x is Null"
    if (x==1) "foo"
}

f <- function(x)
{
  f2(x)
}


# The following line will raise an error if executed
f(NULL)

错误追踪功能

这是我根据上面提到的 Chrispy 代码改编的函数。执行时，如果出现错误，下面的代码将打印错误发生的位置，在上述函数的情况下，它将打印:“发生错误:Test.R#9:f2(x)” 和 “发生错误:Test.R#14:f(NULL)” 表示错误结果来自第 14 行的 f(NULL) 函数存在问题，该函数引用了第 9 行的 f2() 函数

# Error tracing function
withErrorTracing = function(expr, silentSuccess=FALSE) {
    hasFailed = FALSE
    messages = list()
    warnings = list()

    errorTracer = function(obj) {

        # Storing the call stack 
        calls = sys.calls()
        calls = calls[1:length(calls)-1]
        # Keeping the calls only
        trace = limitedLabels(c(calls, attr(obj, "calls")))

        # Printing the 2nd and 3rd traces that contain the line where the error occured
        # This is the part you might want to edit to suit your needs
        print(paste0("Error occuring: ", trace[length(trace):1][2:3]))

        # Muffle any redundant output of the same message
        optionalRestart = function(r) { res = findRestart(r); if (!is.null(res)) invokeRestart(res) }
        optionalRestart("muffleMessage")
        optionalRestart("muffleWarning")
    }

    vexpr = withCallingHandlers(withVisible(expr),  error=errorTracer)
    if (silentSuccess && !hasFailed) {
        cat(paste(warnings, collapse=""))
    }
    if (vexpr$visible) vexpr$value else invisible(vexpr$value)
}

存储错误位置和消息

我们调用上面的脚本TestError.R，并将打印输出捕获到一个变量中，这里称为errorStorage，我们可以稍后处理或简单地显示。

errorStorage <- capture.output(tryCatch({
    withErrorTracing({source("TestError.R")})
    }, error = function(e){
        e <<- e
        cat("ERROR: ", e$message, "\nin ")
        print(e$call)
}))

因此，我们将 e 的值与调用和消息以及错误位置的位置一起保存。errorStorage 输出应如下所示:

[1] "[1] \"Error occuring: Test.R#9: f2(x)\"    \"Error occuring: Test.R#14: f(NULL)\""
[2] "ERROR:  argument is of length zero "                                        
[3] "in if (x == 1) \"foo\""

希望这可能有所帮助。