java - Perl 将 bash 管道发送到 Java

Question

我是 Perl 初学者。我有这个 Perl 片段

$normal_pileup = "samtools mpileup -q 1 -f XXXX YYYYY";
$tumor_pileup = "samtools mpileup -q 1 -f XXXX ZZZZZ";

bash -c \"java -jar ttt.jar  <\($normal_pileup\) <\($tumor_pileup\) output

他们尝试发出一个系统调用，将这些命令的输入传送到 Java 程序中。我无法让它发挥作用。谁能告诉我该怎么做吗？

Answer 1

您不能直接从 Perl 调用 bash。但是，如果您使用 system，则会调用/bin/sh，这可能不支持进程替换。

可能的解决方法之一是

system qq(echo 'java -jar ttt.jar  <($normal_pileup) <($tumor_pileup) output' | bash);