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如何使用 awk 根据来自另一个文件的数据解析一个文件。
我写了一个脚本:
BEGIN{ FS="\t" ; OFS="\t"
while((getline<"headfpkm")>0) {
++a
id[a]=$1
fpkm[a]=$2
print id[a],fpkm[a]
}
lastid=id[a]
print lastid
close("headfpkm")
}
/$lastid/{
print $2,$3,$5,$7,$8,$14,fpkm[a]
a--
lastid=id[a]
}
END{ print "total lines=",FNR,"\n\nfile 1 index: ",a}
当我运行它时:
/$ awk -f testawk.awk file2
它正确运行 BEGIN 部分但不提供任何输出。
NM_000014 5.04503
NM_000015 0.586677
NM_000016 1.138332278
NM_000017 0.64386
NM_000018 3.61746
NM_000019 2.8793
NM_000020 10.846
NM_000021 0.685098
NM_000022 46388.6
NM_000026 0.257471
NM_000026
total lines= 10
file 1 index: 10
搜索部分有什么问题吗?
文件 2 如下所示:
34 ACADM NM_000016 9606 hsa-miR-3148 3 80 87 0.003 -0.016 -0.094 0.082 0.112 -0.160 97
34 ACADM NM_000016 9606 hsa-miR-3163 1 623 629 0.001 -0.022 -0.020 0.065 0.125 -0.01 57
35 ACADS NM_000017 9606 hsa-miR-3921 3 68 75 0.013 0.192 -0.097 0.031 -0.039 -0.147 82
35 ACADS NM_000017 9606 hsa-miR-4303 2 67 73 0.012 0.150 -0.052 0.013 -0.039 -0.036 31
35 ACADS NM_000017 9606 hsa-miR-4653-5p 3 68 75 0.003 0.192 -0.097 0.031 -0.039 -0.157 84
37 ACADVL NM_000018 9606 hsa-miR-124 2 31 37 0.003 0.023 -0.057 0.012 -0.032 -0.171 76
37 ACADVL NM_000018 9606 hsa-miR-1827 2 135 141 -0.007 -0.043 -0.058 0.039 -0.069 -0.258 91
37 ACADVL NM_000018 9606 hsa-miR-2682 2 134 140 0.003 -0.014 -0.058 0.004 -0.047 -0.232 87
37 ACADVL NM_000018 9606 hsa-miR-449c 2 134 140 -0.035 -0.014 -0.058 0.004 -0.047 -0.270 92
37 ACADVL NM_000018 9606 hsa-miR-506 2 31 37 -0.016 0.023 -0.057 0.012 -0.032 -0.190 80
最佳答案
这有点靠猜测,因为我不能 100% 确定您要完成的任务。解决问题的更好方法是执行以下操作:
BEGIN {
FS=OFS="\t"
}
FNR==NR {
c++
a[$1]=$2
next
}
$3 in a {
print $2,$3,$5,$7,$8,$14,a[$3]
}
END {
printf "total lines=%s\n\nfile 1 index: %s\n", FNR, c
}
运行方式:
awk -f script.awk headfpkm file2
结果:
ACADM NM_000016 hsa-miR-3148 80 87 -0.160 1.138332278
ACADM NM_000016 hsa-miR-3163 623 629 -0.01 1.138332278
ACADS NM_000017 hsa-miR-3921 68 75 -0.147 0.64386
ACADS NM_000017 hsa-miR-4303 67 73 -0.036 0.64386
ACADS NM_000017 hsa-miR-4653-5p 68 75 -0.157 0.64386
ACADVL NM_000018 hsa-miR-124 31 37 -0.171 3.61746
ACADVL NM_000018 hsa-miR-1827 135 141 -0.258 3.61746
ACADVL NM_000018 hsa-miR-2682 134 140 -0.232 3.61746
ACADVL NM_000018 hsa-miR-449c 134 140 -0.270 3.61746
ACADVL NM_000018 hsa-miR-506 31 37 -0.190 3.61746
total lines=10
file 1 index: 10
关于使用awk解析,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/14252303/
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