将 rmarkdown 从 RStudio 服务器渲染到外部驱动器

Question

在本地工作时，我使用以下内容来渲染 rmarkdown 文档:

rmarkdown::render(input = rmd.temp , output_dir = out.dir, output_file = out.name)

这会获取我的模板文档 rmd.temp，然后将文档呈现到 out.dir 并将文件命名为 out.name。

我正在尝试在 RStudio 服务器上进行复制。当 out.dir 是本地目录时，代码可以正常工作。但是，当 out.dir 是到外部驱动器的映射目录时，我收到以下错误:

Error in replayPlot(x) : 
  could not open file'/...path..../figure-html/unnamed-chunk-2-1.png'

映射驱动器的链接有效，因为我可以使用:

dir.create(out.dir)

并看到新文件夹出现。对于渲染卡住的原因有什么想法吗？

更新

这可能只是一个权限问题，因为我也无法编写 csv 文件:

df <- data.frame(a=1:10)

setwd(out.dir)

write.csv(df, file = "df.csv")

Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
  cannot open the connection

RStudio 服务器在 Ubuntu 上运行。我将提出一个关于如何授予 RStudio 文件夹权限的新问题。

Answer 1

对于遇到此问题的任何人，可以通过将其添加到脚本的开头来修复:

Sys.umask(mode="0000")

这是一个权限问题。在 shell/命令行中，全局权限为“0000”，但在 RStudio 控制台中，全局权限为“0002”，这会为新文件生成 -rw-r-- 权限。可能可以更改 RStudio 的全局权限，但这可行。