r - 如何使用 R 找到重叠的社区结构？

Question

很难说出这里问的是什么。这个问题是模棱两可的、含糊的、不完整的、过于宽泛或修辞的，不能以其目前的形式得到合理的回答。如需帮助澄清此问题以便可以重新打开，visit the help center .




8 年前关闭。




我有两个问题:

1-我想知道是否有可能使用 igraph 在 R 中发现重叠的社区结构？

2- 我发现 LinkComm 包可以做类似的事情(找到重叠的社区结构)但它不能接受 igraph 网络，是否可以将 LinkComm 函数应用于 igraph 图？

提前致谢，

Answer 1

这是使用 linkcomm 的一个(相当脏的)技巧。包装与 igraph对象。难点在于linkcomm使用 igraph0包，它使用 igraph直接对象的字段，不建议这样做。他们的方法适用于 igraph0包，但它没有 igraph包因为igraph定义 [[ igraph 图的索引运算符。

无论如何，以下只是覆盖了 linkcomm 中的一个函数包裹。它适用于包版本 1.0-6 (2011-05-27)，并且几乎肯定不适用于任何其他版本。正确的修复方法是更新 linkcomm包，由其作者。

library(linkcomm)

# This will result a long warning about masked objects, because igraph 
# defines almost all names igraph0 defines, and linkcomm loads igraph0.
# But we are fine if we load igraph after linkcomm, because by default
# the igraph functions will be used
library(igraph)

# Modify the function from the linkcomm package, we create a new 
# function called 'lc'
lc <- as.list(getLinkCommunities)
lc[[11]][[10]][[3]] <- call("get.edgelist", quote(x), names=FALSE)
lc <- as.function(lc)

# Get some test data
karate <- nexus.get("karate")

# Use the newly defined 'lc' function on the test data
karcomm <- lc(get.data.frame(karate), check.duplicates=FALSE)