r - 在 R 中规范化系统发育树

Question

在 R 中处理系统发育树数据时(特别是在处理“phylo”或“phylo4”对象时)，标准化分支长度会很有用，这样某些分类单元(进化得更快的分类单元)不会贡献不成比例的数量 Twig 到树的长度。这在计算 UniFrac 值中似乎很常见，可以在此处的讨论中找到:http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp 。 (但是，我需要的不仅仅是 UniFrac 值)。

但是，我找不到执行此标准化步骤的函数。我查看了 ape、picante、adephylo 和 phylobase。有人可以指导我找到包含此函数的包，或者使编写此类函数变得简单的包吗？

Answer 1

您是否正在寻找一个仅缩放树的分支长度的函数？如果是这样，ape 中的compute.brlen() 将会执行此操作。 Grafen 的 rho 和 all = 1 有内置选项。您也可以提供自己的函数。

我不知道 UniFrac 是否会进行其他类型的分支长度缩放。但如果是这样，您可以编写函数并传递它。