r - ggplot2 - boxplot 多个 data.frames 同时保持秩序

Question

如果这更适合 SO 而不是 CV，我深表歉意。

我试图将第二个箱线图包含到现有箱线图中，该箱线图按绘制的值的平均值排序。当我包含第二个 data.frame 中的箱线图(代表其他图的控制样本)时，原始图失去了排序。

下面是一个例子:

x1 <- data.frame("V1" = runif(100, 0, 100), "siteno" = "X1") #mean = 50.3
x2 <- data.frame("V1" = runif(100, 200, 450), "siteno" = "X2") #mean = 322.4
x3 <- data.frame("V1" = runif(100, 50, 150), "siteno" = "X3") #mean = 97.8
xData <- rbind(x1,x2,x3)
xData$siteno <- with(xData, reorder(siteno, V1, mean))

zData <- data.frame("V1" = runif(300, 0, 450), "siteno" = "Z1") #mean = 224.2

#orders xData correctly 
ggplot(xData, aes(x = siteno , y = V1)) +
stat_summary(fun.y=mean, colour="red", geom="point") +
geom_boxplot (aes(fill=siteno), alpha=.5, width=1, position = position_dodge(width = 1),  outlier.colour = "dark gray", outlier.size = 1)

这将生成以下图，其中 x 变量按平均值正确排序:



如果我尝试使用下面的代码添加控制数据，x 变量的顺序将丢失:

x1 <- data.frame("V1" = runif(100, 0, 100), "siteno" = "X1") #mean = 50.3
x2 <- data.frame("V1" = runif(100, 200, 450), "siteno" = "X2") #mean = 322.4
x3 <- data.frame("V1" = runif(100, 50, 150), "siteno" = "X3") #mean = 97.8
xData <- rbind(x1,x2,x3)
xData$siteno <- with(xData, reorder(siteno, V1, mean))

zData <- data.frame("V1" = runif(300, 0, 450), "siteno" = "Z1") #mean = 224.2

#orders xData correctly 
ggplot(xData, aes(x = siteno , y = V1)) +
stat_summary(fun.y=mean, colour="red", geom="point") +
geom_boxplot (aes(fill=siteno), alpha=.5, width=1, position = position_dodge(width = 1), outlier.colour = "dark gray", outlier.size = 1) +
geom_boxplot(data=zData, aes(x = siteno , y = V1))

这将生成以下图，没有对 x 变量进行排序:


我的图表的重点是显示按平均值排序的测试值，然后将控制值箱线图放在右侧以供视觉引用。我想可能会有一个结合 xData 和 zData 数据帧的解决方案；如果有一些建议，我愿意尝试。
感谢您的时间。

Answer 1

当您使用两个数据框将数据合并到一个图中时，原始级别(和顺序)会丢失，并且会使用新级别而不是合并来自两个数据框的数据。填充值不会出现这种行为，因为您没有为第二个数据框提供填充参数。但是对于离散的 x 尺度，两个数据框都被组合在一起，新的水平是 X1 , X2 , X3和 Z1 .

无需从所有值制作一个数据框，您就可以使用 scale_x_discrete()然后在参数 limits=使用函数levels()获取 siteno 的原始级别顺序并将其与 Z1 结合使用为引用水平。

ggplot(xData, aes(x = siteno , y = V1)) +
  stat_summary(fun.y=mean, colour="red", geom="point") +
  geom_boxplot (aes(fill=siteno), alpha=.5, outlier.colour = "dark gray", 
                                                  outlier.size = 1) +
  geom_boxplot(data=zData, aes(x = siteno , y = V1))+
  scale_x_discrete(limits=c(levels(xData$siteno),"Z1"))