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r - 德雷克计划拟合 lmer 模型失败

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-01 23:53:39 24 4
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我正在尝试在 drake 计划中安装一些 lme4::lmer 模型,但出现错误

'data' not found, and some variables missing from formula environment

如果我替换 lm 模型,它就可以工作。

这是一个可重现的例子

library(drake)
library(lme4)
#> Loading required package: Matrix
#>
#> Attaching package: 'Matrix'
#> The following object is masked from 'package:drake':
#>
#> expand

plan_lm <- drake_plan(
dat = iris,
mod = lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = dat)
)

make(plan_lm)
#> ℹ Consider drake::r_make() to improve robustness.
#> ▶ target dat
#> ▶ target mod

plan_lmer <- drake_plan(
dat1 = iris,
mod1 = lmer(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = dat1)
)

make(plan_lmer)
#> ▶ target dat1
#> ▶ target mod1
#> x fail mod1
#> Error: target mod1 failed.
#> diagnose(mod1)$error$message:
#> 'data' not found, and some variables missing from formula environment
#> diagnose(mod1)$error$calls:
#> lme4::lFormula(formula = Sepal.Length ~ Petal.Length, data = dat1,
#> control = list("nloptwrap", TRUE, 1e-05, TRUE, FALSE, list(
#> "ignore", "stop", "ignore", "stop", "stop", "message+drop.cols",
#> "warning", "stop"), list(list("warning", 0.002, NULL),
#> list("message", 1e-04), list("warning", 1e-06)), list()))
#> lme4:::checkFormulaData(formula, data, checkLHS = control$check.formula.LHS ==
#> "stop")
#> base::stop("'data' not found, and some variables missing from formula environment",
#> call. = FALSE)
Created on 2020-07-29 by the reprex package (v0.3.0)

有什么建议吗?

最佳答案

这个边缘案例是 https://github.com/ropensci/drake/issues/1012 的一个实例和 https://github.com/ropensci/drake/issues/1163 . drake 会创建自己的环境来运行命令,因此带有dat 的环境与模型实际运行的环境不同。 drake 这样做是有充分理由的,而且行为不会改变,所以不幸的是这个问题是永久性的,除非 lme4 改变。我可以提供的最佳解决方法是在运行时在目标环境中创建公式,类似于下面的 reprex。您必须手动强制数据和公式处于同一环境中。我建议编写一个自定义函数来执行此操作。

library(drake)
suppressPackageStartupMessages(library(lme4))

fit_lmer <- function(dat) {
envir <- environment()
envir$dat <- dat
f <- as.formula("Reaction ~ Days + (Days | Subject)", env = envir)
lme4::lmer(f, data = dat)
}

plan <- drake_plan(
dat = sleepstudy,
mod = fit_lmer(dat)
)

make(plan)
#> ▶ target dat
#> ▶ target mod

reprex package 创建于 2020-07-29 (v0.3.0)

顺便说一下,如果可以的话,请考虑避免使用 iris 数据集:https://armchairecology.blog/iris-dataset/

关于r - 德雷克计划拟合 lmer 模型失败,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/63144022/

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