r - 了解 `Reduce`函数

Question

我有一个关于R中Reduce函数的问题。我阅读了它的文档，但我仍然有点困惑。所以，我有 5 个带有基因名称的向量。例如:

v1 <- c("geneA","geneB",""...)
v2 <- c("geneA","geneC",""...)
v3 <- c("geneD","geneE",""...)
v4 <- c("geneA","geneE",""...)
v5 <- c("geneB","geneC",""...)

我想找出至少两个载体中存在哪些基因。有人建议:

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e))

如果有人能向我解释一下这个语句是如何工作的，我将不胜感激，因为我已经看到在其他场景中使用了Reduce。

Answer 1

Reduce 采用二进制函数和数据项列表，并以递归方式连续将该函数应用于列表元素。例如:

Reduce(intersect,list(a,b,c))

与

相同

intersect((intersect(a,b),c)

但是，我认为该构造不会对您有所帮助，因为它只会返回所有向量共有的那些元素。

要计算基因出现的向量数量，您可以执行以下操作:

vlist <- list(v1,v2,v3,v4,v5)
addmargins(table(gene=unlist(vlist), vec=rep(paste0("v",1:5),times=sapply(vlist,length))),2,list(Count=function(x) sum(x[x>0])))
       vec
gene    v1 v2 v3 v4 v5 Count
  geneA  1  1  0  1  0     3
  geneB  1  0  0  0  1     2
  geneC  0  1  0  0  1     2
  geneD  0  0  1  0  0     1
  geneE  0  0  1  1  0     2