r - 用 igraph 绘制社区

Question

我想创建一个图表，每个节点社区都被一些背景颜色覆盖，类似于以下代码的图表

karate <- graph.famous("Zachary")
wc <- walktrap.community(karate)
modularity(wc)
membership(wc)
plot(wc, karate)

但与这种方法不同的是，我想:(1)自己对节点进行分组，而不是通过社区检测算法得出。我通过 wc$membership <- some_vector 实现了这一点; (2) 绘制这样的图，社区之间可能有重叠，那么如何将一个节点分配给多个社区？

Answer 1

绘制图本身而不是社区结构，并使用适当构造的 mark.groups 参数给 plot() 来告诉 igraph 哪些组应该包含在同一组。以下引用来自 plot.igraph 的手册页:

mark.groups: A list of vertex id vectors. It is interpreted as a set of vertex groups. Each vertex group is highlighted, by plotting a colored smoothed polygon around and "under" it.