使用 readOGR 的相对路径有所不同，具体取决于 R 脚本还是 rmarkdown

Question

在我的常规 .R 脚本中，我使用相对路径来使用 rgdal::readOGR 读取数据:

library(rgdal)
pts <- readOGR("data/points.gpkg")

但是 Rmd 文档中 R 代码片段中的相同代码:

```{r}
pts <- readOGR("data/points.gpkg")
```

返回以下错误:

Error in ogrListLayers(dsn = dsn) : Cannot open data source

如果我使用此错误即可解决

```{r}
pts <- readOGR("../data/points.gpkg")
```

但我无法在常规 .R 脚本中使用该路径字符串。如果我想复制在 R 脚本中编写的代码以在 R markdown 文档中使用，这会令人沮丧。

我有两个问题:

1)为什么会发生这种情况？

2) 如何编写路径，以便它们同时在 .R 和 .Rmd 文档中运行

Answer 1

Rmd 文档的默认工作目录就是它所在的目录。您有很多选择:

• 使用完整文件路径(对您有好处，但不能移植到其他计算机)
• 将 Rmd 文件放入用于 R 脚本的工作目录
• 将 R 脚本放入包含 Rmd 文件的目录中
• 在第一个 Rmd 代码块中设置工作目录
• 编写脚本以向文件路径添加前缀，在 R 脚本中将前缀设置为 "./" ，在 Rmd 中将前缀设置为 "../" (如果你想变得更有趣，你可以自动检测到这一点)
• 不要重复您的代码:仅使用脚本或仅使用 Rmd

还有很多类似的变体。