r - 创建列联表

Question

我有数百个包含各种列表元素的文本文件(以千计)。下面给出了三个简化的代表性文件(这里的行元素为颜色)。

group1.txt

red
blue
red
green
pink
red

group2.txt

yellow
brown
cyan
yellow
brown
red
violet
orange

group3.txt

orange
violet
pink
cyan
grey

我可以使用以下脚本创建一个排序计数表 -

awk -F '\t' '{print $1}' * | sort | uniq -c | sort -nr

>

  4 red
  2 yellow
  2 violet
  2 pink
  2 orange
  2 cyan
  2 brown
  1 grey
  1 green
  1 blue

我想创建一个列联表如下 -

Colour  group1  group2  group3
red     3   1   0
green   1   0   0
blue    0   0   0
yellow  0   2   0
orange  0   1   1
grey    0   0   1
violet  0   1   1
pink    1   0   1
brown   0   2   
cyan    0   1   1

如何使用 awk、python、perl 或 R 创建此列联表？

Answer 1

这是 R 中的一个解决方案。

设置文件(这只是为了让我们有一个可以使用的示例 - 不是构建列联表的实际机制的一部分):

writeLines(c("red","blue","red","green","pink","red"),
           con="group1.txt")
writeLines(c("yellow","brown","cyan","yellow","brown","red",
             "violet","orange"),
           con="group2.txt")
writeLines(c("orange","violet","pink","cyan","grey"),
           con="group3.txt")

大部分工作是读入和排列数据:假设我们知道文件名为 groupNN.txt 其中 NN 是一个数字...

flist <- list.files(pattern="group[0-9]+.txt")
grpnames <- gsub("\\.txt$","",flist)

读取颜色文件:

col_list <- lapply(flist,scan,what="character")

组 ID 的匹配向量:

grpvec <- rep(grpnames,sapply(col_list,length))

现在只需使用 table:

table(unlist(col_list),grpvec)
##     grp
## col      group1 group2 group3
##   blue        1      0      0
##   brown       0      2      0
##   cyan        0      1      1
##   green       1      0      0
##   grey        0      0      1
##   orange      0      1      1
##   pink        1      0      1
##   red         3      1      0
##   violet      0      1      1
##   yellow      0      2      0

(这是按字母顺序排列的；我不确定这对你有多重要......)