matlab - 如何在 Matlab 中优化嵌入循环索引以实现并行化？

Question

目前我正在做一个项目，我想提高执行速度。我对并行编码完全陌生。我的程序最初有六个循环，我成功了将其优化为三个循环，执行时间减少了 300%。从我所学的来看我认为问题出在索引中。我在之前的循环中已经使用了 parfor，但索引是 i = 1:vs_max-1。

在下面的代码中:

for i = 1:vs_max-1
 for j = i+1:vs_max-1
  d = max(abs(X(i,:)-X(j,:)));
  DD = exp(-(d/r)^n);
  D(i,j) = DD;
  D(j,i) = DD;
  while (i~=vs_max)
    d2 = max(abs(X2(i,:)-X2(j,:)));
    DD2 = exp(-(d2/r)^n);
    D2(i,j) = DD2;
    D2(j,i) = DD2;
    break;
  end

 end
end

我相信问题出在第二个循环索引中，其中 j 也需要 i 值当我们有多个线程时，我们可以多次访问这些值。

任何人都可以帮助我重新索引此循环，以便 parfor 不提示或提供另一种类型的代码优化，以便上述代码变得更快？

预先感谢您阅读并回复我的帖子。

Answer 1

您基本上是在上三角矩阵中生成索引。随着i的值逐渐接近vs_max-1，线条变得越来越短。这不能很好地在多个线程之间分配，除非正在执行一些动态工作调度(例如，类似于 schedule(dynamic)，如果您碰巧熟悉 OpenMP)。

您可以“展平”事物并运行单个循环，并使用一些数学将迭代数转换为 (i,j) 对，例如请参阅this question寻找可能的解决方案。如果您有足够的内存，您还可以使用所有可能的 (i,j) 对的预填充列表，然后用它来快速计算 i 和 j 来自迭代次数。

顺便说一句:计算的第二部分看起来很奇怪。为什么要把它放在总是执行的 while 循环中，而且只执行一次(i ~= vs_max 总是 true，因为 i 永远不会达到 vs_max 和 break 在第一次迭代后终止它)？