r - 通过调用 datadist() + options() 设置 rms 时测试失败

Question

我正在尝试使用 testthat 包进行一些单元测试，但我似乎无法让它与 rms 包一起正常工作。下面的例子:

library(rms)
set.seed(10)
ds <- data.frame(
  ftime = rexp(200),
  fstatus = sample(0:1,200,replace=TRUE),
  x1 = runif(200),
  x2 = runif(200),
  x3 = factor(sample(LETTERS[1:3], size=200, replace=TRUE)))


ddist <- datadist(ds)
options(datadist="ddist")

s <- Surv(ds$ftime, ds$fstatus == 1)
fit <- cph(s ~ x1 + x2 + x3, data=ds)

返回此错误:

Error in Design(eval.parent(m)) : dataset ddist not found for options(datadist=)

即使 print(ddist) 有效并且 options("datadist") 返回正确的变量也是如此。 testthat 是否具有导致错误的不同变量范围？

更新

我运行由 R 控制台在我的包目录 (Eclipse StatET) 中启动的测试:

library(testthat)
test_dir("inst/tests")
q()

R CMD 检查 --as-cran 也会出现同样的错误

Answer 1

虽然@agstudy的建议是正确的，但我已经通过使用将变量分配给全局环境的<<-运算符找到了解决该错误的简单方法，这是一个有效的测试文件:

set.seed(10)
n <- 11
ds <- data.frame(
  y = rnorm(n),
  x1 = factor(sample(c("a", "aa", "aaa"), size = n, replace = TRUE)))

suppressMessages(library(rms))
dd <<- datadist(ds)
options(datadist = "dd")

context("rms")
test_that("test", {
  fit <- ols(y ~ x1, data=ds)
  s <- summary(fit)
  expect_true(inherits(s, "summary.rms"))
})

如果您碰巧在 test_that 中进行分配，这也适用:

context("rms")
test_that("test", {
  set.seed(10)
  n <- 11
  ds <- data.frame(
    y = rnorm(n),
    x1 = factor(sample(c("a", "aa", "aaa"), size = n, replace = TRUE)))

  suppressMessages(library(rms))
  dd <<- datadist(ds)
  options(datadist = "dd")

  fit <- ols(y ~ x1, data=ds)
  s <- summary(fit)
  expect_true(inherits(s, "summary.rms"))
})

这也相当于下面的代码(也许更容易理解):

env <- globalenv() # Grab the global environment
env$dd <- datadist(ds) # Assign the datadist to it

如果您想了解有关环境如何工作的更多信息，我可以推荐 Hadley 出色的高级 R 报道 topic 。我发现这解释了我遇到的许多问题。