python - 为什么 Python 的 shutil.which() 不起作用？

Question

我正在尝试查看 shutil.which() 是否可以从 NCBI 的 BLAST 中找到 blastn 命令。在我的终端上运行 which blastn 会生成 /usr/local/bin/blastn。但是，如果我执行 shutil.which("blastn")，它只会返回 None。搜索 Python 工作正常，因为 shutil.which("python") 返回 /usr/bin/python。为什么会这样？

Answer 1

这意味着您的 shell 中的环境与 Python 运行时中的环境具有不同的 PATH。有许多可能的原因，但它通常会发生，因为您的 .bashrc 中的某些内容附加到 PATH，这将在 shell 中看到，但不会被 Python 看到。

在 shell 中检查环境:

$ echo $PATH

在 Python 中检查环境:

import os
print(os.environ["PATH"])

您可能会发现 shell 的环境在 PATH 中有 blastn 的位置，而 Python 的没有。