python - 在 python 中使用 "bed"文件

Question

我有一个 .bed 文件，其中包含 1000 行，每行中的单词由制表符 (\t) 分隔。如果我们将每个单词视为一列，则每行有 12 列。我需要一种方法将此 .bed 文件转换为矩阵，以便我可以轻松访问其列。例如，我需要访问第 12 列。有什么办法可以做到这一点吗？

我已经尝试过这个:

    import numpy as np
    data = np.genfromtxt("myFile.bed")

但它无法正常工作。有人可以帮我吗？

Answer 1

BED 文件是标准的制表符分隔文本文件。 Tu 将其内容存储在内存中的通常方法是:

content = []
with open("myFile.bed")as f:
    for line in f:
        content.append(line.strip().split())

您可以在此处使用 numpy 数组而不是列表，或者根据需要使用 np.asarray 转换结果。

实际上很少需要它的矩阵，因为它们代表(基因组？)间隔并且通常非常大。大多数时候，您会在循环中的每一行修改/读取/执行某些函数:

with open("myFile.bed")as f:
    for line in f:
        L = line.strip().split()
        # ... do something with L

否则，Pandas库实现了 R 中的“数据帧”(但我从未使用过它)。