r - 如何使用 dplyr pipe mutate 检测字符串是否包含正则表达式模式

Question

我有以下数据框:

library(tidyverse)

dat <- structure(list(peptide_id = c("PD_22374", "PD_20472", "PD_17483"
), peptide = c("EVHNPWNFIPDFQRSRQQHAFKKIRKHRRA", "KKEPQICTWKIQVRFSMNKKVWRKGTQKKK", 
"NESVPKTHGDVINTGIKERRSKKAKSITKV")), row.names = c(NA, -3L), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))


dat
#> # A tibble: 3 x 2
#>   peptide_id peptide                       
#>   <chr>      <chr>                         
#> 1 PD_22374   EVHNPWNFIPDFQRSRQQHAFKKIRKHRRA
#> 2 PD_20472   KKEPQICTWKIQVRFSMNKKVWRKGTQKKK
#> 3 PD_17483   NESVPKTHGDVINTGIKERRSKKAKSITKV

我想检测上面的哪些行包含此正则表达式模式 K[KR].{1}[KR]。

我们希望有另一列给出"is"或“否”。我该怎么做？

此图显示了哪些行包含该模式:

Answer 1

dat%>%
  mutate(ind= grepl("K[KR].{1}[KR]",peptide))

# A tibble: 3 x 3
  peptide_id peptide                        ind  
  <chr>      <chr>                          <lgl>
1 PD_22374   EVHNPWNFIPDFQRSRQQHAFKKIRKHRRA TRUE 
2 PD_20472   KKEPQICTWKIQVRFSMNKKVWRKGTQKKK FALSE
3 PD_17483   NESVPKTHGDVINTGIKERRSKKAKSITKV TRUE