r - 如何从 Rnw Sweave 文件中提取所有代码块？

Question

我收到一个 .Rnw 文件，该文件在尝试构建其所属的包时出现错误。问题是，当使用 RStudio 中的工具检查包时，我没有得到任何有用的错误信息。所以我需要首先弄清楚错误发生在哪一行代码上。

为了解决这个问题，我编写了这个 5 分钟的 hack，将所有代码块放在一个单独的文件中。我有一种感觉，虽然我错过了一些东西。就像运行脚本文件一样提取 Rnw 文件中的所有代码的干净方法是什么？是否有一个函数可以提取所有内容，或者以这样的方式运行所有内容，以便您可以找出错误发生在哪一行？

我的黑客:

ExtractChunks <- function(file.in,file.out,...){
  isRnw <- grepl(".Rnw$",file.in)
  if(!isRnw) stop("file.in should be an Rnw file")

  thelines <- readLines(file.in)

  startid <- grep("^[^%].+>>=$",thelines)
  nocode <- grep("^<<",thelines[startid+1]) # when using labels.
  codestart <- startid[-nocode]

  out <- sapply(codestart,function(i){
    tmp <- thelines[-seq_len(i)]
    endid <- grep("^@",tmp)[1]  # take into account trailing spaces / comments
    c("# Chunk",tmp[seq_len(endid-1)])
  })

  writeLines(unlist(out),file.out)

}

Answer 1

这两种策略是Stangle(针对Sweave变体)和针对knitr变体的purl。我对 .Rnw 文件的印象是它们或多或少是等效的，但是 purl 也应该适用于其他类型的文件。

一些简单的例子:

f <- 'somefile.Rnw'
knitr::purl(f)
Stangle(f)

无论哪种方式，您都可以使用source运行创建的代码文件。

注:This post描述了knitr的一个 block 选项，用于选择性地purl block ，这也可能有帮助。