r - 使用 getGEO 下载 GPL 文件时出错

Question

使用 OSX 10.11 和 R 3.3.0，我在使用 GEOQuery 包时遇到此错误:

library(GEOquery)
GSE56045 <- getGEO("GSE56045")

它下载 GSE 文件，但不下载 GPL:

Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) : 
  cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full'

Answer 1

GPL 文件似乎已重定向，并且 GEOquery 中自动设置的下载方法无法遵循重定向:setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

我能够通过在 R 中运行它来使其工作:options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl')另外，我必须删除旧的下载的 GPL 文件 - 这只是重定向消息。使用 getGEO 命令的 destdir = 来设置下载目录而不是查找临时文件会更容易。