r - 将大型 2d 矩阵快速融化为 3 列 data.table

Question

我有一个大矩阵 num [1:62410, 1:48010]
我想要一个长格式的 data.table

例如

   Var1 Var2     value
1:    1    1 -4227.786
2:    2    1 -4211.908
3:    3    1 -4197.034
4:    4    1 -4183.645
5:    5    1 -4171.692
6:    6    1 -4161.634

最小的例子

m = matrix(1:5, nrow = 1000, ncol = 1000)
x = data.table(reshape2::melt(m))

理想情况下，我希望同时列名 x、y 和 value。

以前我一直在使用 data.table(melt(mymatrix)) .
但是从 reshape2::melt 的警告来看已弃用，这在速度方面可能不是最佳选择，解决此问题的最佳“data.table”方法是什么？

以下不回答我的问题:
Fast melted data.table operations
Proper/fastest way to reshape a data.table

其他答案引用已弃用的 reshape2包裹

Answer 1

下面是一个例子:

# example matrix
m = matrix(1:12, nrow = 4)

# load data table
library(data.table)

我们可以直接提取数据、行和列信息，它应该非常快:

dt = data.table(
  row = rep(seq_len(nrow(m)), ncol(m)), 
  col = rep(seq_len(ncol(m)), each = nrow(m)), 
  value = c(m)
)

结果是:

    row col value
 1:   1   1     1
 2:   2   1     2
 3:   3   1     3
 4:   4   1     4
 5:   1   2     5
 6:   2   2     6
 7:   3   2     7
 8:   4   2     8
 9:   1   3     9
10:   2   3    10
11:   3   3    11
12:   4   3    12