r - Rstudio loadNamespace(name)中的Rstudio编织pdf:没有名为'rmarkdown'的软件包

Question

我刚刚更新到Rstudio版本0.98.1074。当我尝试使用带有脚本的编译笔记本或带有.rmd的Knit pdf时，我得到


loadNamespace错误：没有名为“ rmarkdown”的软件包


但是我可以键入rmarkdown::render("filename.rmd")，它将呈现文档。我删除了rmarkdown并重新安装了RStudio，它没有帮助。我已经更新了所有软件包，并正在使用R3.1.1。

这是一个小小的麻烦，因为我有一种解决方法，但是我认为我会发布以防万一找不到解决方案。

Answer 1

在Cygwin中尝试在Windows上使用Rmarkdown时，我收到几乎完全相同的错误：

loadNamespace(name): there is no package called 'rmarkdown'

一切在Rstudio中都可以正常工作，但是当我尝试在Cygwin中自动编织某些 .Rmd文件时却无法正常工作。

我在Rstudio中的库路径：

.libPaths()
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

运行 C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\R.exe时在Cygwin中报告的我的库路径：

.libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

问题：


当Rstudio在非管理员模式下运行时，由于此目录受写保护，因此无法将任何内容写入 C:/Program Files/R/R-3.3.2/library。
因此，Rstudio将新程序包写入用户配置文件目录，该目录可自由写入。
但是，Cygwin不知道用户的配置文件目录，因此无法找到所有新安装的软件包。


解决方案是在Cygwin中设置此环境变量：

export R_LIB=C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3

现在，Cygwin报告的路径为：

.libPaths()
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

现在，我可以在Cygwin中调用bash脚本来自动编织 .Rmd files。