r - Knit:将 block 代码输出重定向到终端

Question

我想监控嵌入在 knit 文件中的一些相当冗长的并行计算。

计算依赖于我编写的一个包，相关函数使用multicore包中的mclapply进行并行化。此函数使用 utils 包中稍微修改的 txtProgressBar 实现输出进度条以监视计算进度。每次 mclapply 迭代完成时，进度条都会打印到终端并通过 fifo 连接进行更新。

当从文件中获取或直接调用函数时，这工作得很好，但我找不到办法让它在knitr中工作。我已经尝试了相关的 block 选项，我可以将消息和警告重定向到终端，但不能获取进度栏。有人可以帮忙吗？

很抱歉没有提供一个最小的工作示例，但我不知道如何在这种情况下制作一个示例。

Answer 1

因为 txtProgressBar() 写入 stdout，而 knitr 捕获 stdout 中的所有内容，因此目前如果进度条是基于文本的，那么显示进度条并不容易写入标准输出。也许我可以在内部使用 evaluate::evaluate(debug = TRUE) 来实现你想要的，但我不完全确定这是否适用于文本进度栏。

我目前的建议是:

• 使用基于 GUI 的进度条，例如 tcltk::tkProgressBar()

• 将进度写入其他地方，例如(ab)使用stderr

  ```{r progress}
  pb = txtProgressBar(min = 0, max = 100, file = stderr())
  for (i in 1:100) {
    setTxtProgressBar(pb, i)
    Sys.sleep(0.05)
  }
  close(pb)
  ```
  

• 或者在代码块之外使用您的函数，例如在内联表达式中(例如 Rnw 中的 \Sexpr{my_multicore_function()} 或 Rmd 中的 `r my_cool_fun()`)，因为内联求值不会捕获 stdout