r - 有没有办法使用 StatET Eclipse 插件的外部工具功能来编织并生成 .rmd 文件？

Question

我正在成为可重复分析以及 Sweave、Beamer，特别是 knit 软件包的粉丝。

RStudio 允许一键进行 Sweave 和 knit 文档，但 RStudio 虽然易于安装，但相当不稳定，不具备 Eclipse 的 StatET 插件的成熟度和灵 active 。大多数教程或列表服务在询问有关 knit 和 RMarkdown 的问题时倾向于引用 RStudio IDE，但很少有关于如何安装 Markdown 文件并将其转换为 .Rmd 的内容。使用knitr包。 Jeffrey Horner 在宣布 R markdown 包时表示:

"Markdown documents to HTML, created in collaboration with RStudio. It offers the complete R Markdown feature set available in their best-of-breed IDE, however useRs can integrate markdown into their own toolchain of choice."

最后一句是我没能弄清楚的。在其他地方，我看到建议使用 library(knitr); knit('myfile.Rmd') 手动编织。但是，当尝试执行此操作时，我收到错误:

Warning in file(con, "r") :
  cannot open file 'My file.Rmd': No such file or directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection

我能够转动My file.md使用以下方法将文件转换为 html:

library(markdown)
markdownToHTML(file = "C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile", output="C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile.html")

但是，R代码没有运行，我怀疑我需要编织.Rmd先归档。任何有关如何在 StatET 或 Rstudio 以外的其他地方编织 markdown 文件的帮助或指示将不胜感激。

我在 Windows 7 Professional 操作系统上使用 R 版本 2.15.1 (2012-06-22)。Eclipse 版本:3.8.0 和 StatET 3.0。

Answer 1

一种方法是使用 R 代码段:

1) 创建一个stateET R项目，其中文件https://raw.github.com/yihui/knitr-examples/master/001-minimal.Rmd就在其中。

2) 在 Windows-> 首选项 -> StatET -> 运行/调试 -> R 代码片段

点击“添加...”。创建一个名为 Rmd2html 的新片段。片段内容:

file <- "${selected_resource_loc}"
if (!nzchar) stop('Select a file first')
library(knitr)
library(markdown)
library(tools)
md_file <- knit(file)
html_file <- paste(file_path_sans_ext(md_file), '.html', sep = '')
markdownToHTML(md_file, html_file)

点击“确定”，“确定”。

3) 返回项目，在“Project Explorer” View 中，右键单击“minimal.Rmd”文件，并选择“在 R 中运行代码片段 -> Rmd2html”

这应该生成minimal.html 文件。