r - 将每个数据框行除以R中的向量

Question

我试图将 16 列数据框中的每个数字除以每列的特定数字。这些数字存储为数据帧，其中 1-16 对应于较大数据帧列 1-16 中的样本。每列有一个数字，我需要将其除以较大电子表格中的每个数字，并将输出打印到最终电子表格。

这是我开始的示例。要划分的电子表格。

            X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          4          2          2          6          7          6
A1BG                93         73         88         86         58         65
A1BG-AS1           123        103         96        128         46         57

电子表格除以的数字

X131.478.1 1.0660880
X131.478.2 0.9104053
X131.NSC.1 0.8642545
X131.NSC.2 0.9611866
X166.478.1 0.9711406
X166.478.2 1.0560121

预期结果不一定像我在这里所做的那样四舍五入。

    X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          3.75          2.19          2.31          6.24          7.20         5.68
A1BG                87.23         80.17         101.82         89.47         59.72         61.55
A1BG-AS1           115.37        113.13         111.07        133.16         47.36         53.97

我尝试简单地划分数据帧 mx2 = mx/sf，其中 mx 是大数据集，sf 是要除以的数字的数据帧。这似乎将所有内容除以 sf 数据集中的第一个数字。

除法的数字是由estimateSizeFactors生成的，它是DESeq包的一部分(如果有帮助的话)。

任何帮助都会很棒。谢谢!

Answer 1

sweep 对于此类操作很有用，但它需要一个矩阵作为输入。因此，将数据帧转换为矩阵，进行运算，然后再转换回来。例如，一些虚拟数据，我们将矩阵 mat 相应列中的每个元素除以向量 vec 中的相应值:

mat <- matrix(1:25, ncol = 5)
vec <- seq(2, by = 2, length = 5)

sweep(mat, 2, vec, `/`)

在使用中我们有:

> mat
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25
> vec
[1]  2  4  6  8 10
> sweep(mat, 2, vec, `/`)
     [,1] [,2]     [,3]  [,4] [,5]
[1,]  0.5 1.50 1.833333 2.000  2.1
[2,]  1.0 1.75 2.000000 2.125  2.2
[3,]  1.5 2.00 2.166667 2.250  2.3
[4,]  2.0 2.25 2.333333 2.375  2.4
[5,]  2.5 2.50 2.500000 2.500  2.5
> mat[,1] / vec[1]
[1] 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5

要从数据帧进行转换，请使用 as.matrix(df) 或 data.matrix(df) 以及 as.data.frame(mat) 则相反。