r - EBImage 特征名称

Question

任何人都可以解释一下在computeFeatures中使用什么来计算不同的特征吗？

我得到了中所应用的命名约定？计算特征。我不明白 .0.、.a. 和 .Ba. 标签。

例如:

> library(EBImage)
> y = readImage(system.file("images", "nuclei.tif", package="EBImage"))[,,1]
> x = thresh(y, 10, 10, 0.05)
> x = opening(x, makeBrush(5, shape='disc'))
> x = bwlabel(x)
> ft = computeFeatures(x, y, xname="nucleus")
> colnames(ft)
 [1] "nucleus.0.m.cx"            "nucleus.0.m.cy"           
 [3] "nucleus.0.m.majoraxis"     "nucleus.0.m.eccentricity" 
<snip>
[11] "nucleus.0.s.radius.max"    "nucleus.a.b.mean"         
[13] "nucleus.a.b.sd"            "nucleus.a.b.mad"          
<snip>
[51] "nucleus.Ba.b.mean"         "nucleus.Ba.b.sd"          
[53] "nucleus.Ba.b.mad"          "nucleus.Ba.b.q001"        
[55] "nucleus.Ba.b.q005"         "nucleus.Ba.b.q05"  
<snip>       

我的猜测是 nucleus.0.* 功能仅使用 x 中包含的二进制掩码中的数据。因此，nucleus.0.m.cy 是使用二进制数据计算的 y 轴质心。还有 nucleus.a.m.cy 和 nucleus.Ba.m.cy ，但尚不清楚这些计算有何不同(它们高度相关但不相同)。

我还假设 .a. 和 .Ba. 使用 y 中的强度值，但细节很模糊。 nucleus.a.b.mean 和 nucleus.Ba.b.mean 等特征相似 (~.80 corr)，但不相同。我假设他们估计了由 x 中的标签定义的对象的平均 y 强度，但差异尚不清楚。

有这方面的文档吗？

谢谢

最大

> sessionInfo()R Under development (unstable) (2014-08-23 r66461)Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)locale:[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8attached base packages:[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     other attached packages:[1] EBImage_4.7.16loaded via a namespace (and not attached): [1] abind_1.4-0         BiocGenerics_0.11.4 grid_3.2.0          [4] jpeg_0.1-8          lattice_0.20-29     locfit_1.5-9.1      [7] parallel_3.2.0      png_0.1-7           tiff_0.1-5         [10] tools_3.2.0  

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这似乎是讨论该包的最深入的文档。您是否尝试过直接联系作者 Grégoire Pau？我确信如果你用谷歌搜索他就能找到他。